Plataformes

Bioinformàtica

Introducció

La Plataforma de Bioinformàtica de l'IDIBAPS es dedica principalment a l'anàlisi i suport en la interpretació de  dades procedents d'experiments d'alt rendiment "òmiques" utilitzant mètodes estadístics complexos en la investigació biomèdica bàsica. Els beneficis de la integració dels diferents tipus de dades es consideren avui dia una millora important en els estudis biològics / biomèdics, però, la combinació de dades procedents dels camps de la transcriptòmica, genòmica, proteòmica o metabolòmica requereix enormes esforços en el desenvolupament d'anàlisi, eines i bases de dades específics.

Estem molt implicats en estudis d’expressió diferencial o classificació en dades "òmiques" complexes per tal de caracteritzar i prioritzar els elements més importants en els processos patològics. Tenim com a prioritat  l'estudi de xarxes diferencials amb l'objectiu de comprendre  problemes biològics  complexos per a determinar els factors patogènics claus i per el descobriment de biomarcadors específics pel diagnòstic clínic. En l'actualitat, l'emergent camp de la Biologia de Sistemes té com a objectiu analitzar i integrar les dades de la totalitat de les "òmiques" per crear, en última instància, models de treball dels sistemes biològics complerts.

Serveis:

Suport bioinformàtic en diverses àrees de la recerca biomèdica, especialment en les tecnologies «òmiques», i desenvolupament de noves eines i difusió:

  • Consultoria i anàlisis: assessoria en el disseny experimental; anàlisis de baix nivell i de control de qualitat; orientació en recursos bioestadístics; assistència en la utilització d’eines; anàlisi intensiva de dades de les tecnologies «òmiques» en àmbits de col·laboració; interpretació de resultats
  • Administració dels recursos bioinformàtics i Desenvolupament de eines noves: accés a recursos informàtics en servidors Linux propios (especialment per a projectes de NGS); gestió i manteniment del programari; desenvolupament d'eines personalitzades i bases de dades, especialment en línia.
  • Disseminació: organització de cursos i seminaris

Equipament:

  • 2 Servidors rack HP ProLiant  DL580 G7 4P Intel® Xeon® E7-4870 10-cores, 2,40GHz amb tecnología Hyper-Threading (80 threads de còmput total per cada servidor), 30 MB mem cache, 192 GB RAM. Discs durs interns:  2 x 300GB 6G SAS 10K SFF. S.O: 64b   Suse Linux Enterprise Server configurats amb sistema SGE (Sun Grid Engine).
  • Server rack HP ProLiant  DL580 G7 4P Intel® Xeon® E7-4850 10-cores, 2,00GHz amb tecnología Hyper-Threading (80 threads de còmput total), 24 MB mem cache, 128 GB RAM. Discs durs interns:  2 x 300GB 6G SAS 10K SFF. S.O:  64b Suse Linux Enterprise Server configurat amb sistema SGE (Sun Grid Engine).
  • Server rack HP ProLiant  DL580 G7 2P Intel® Xeon® E7-4830 8-cores, 2,13GHz amb tecnología Hyper-Threading (32 threads de còmput total), 24 MB mem cache, 64 GB RAM. Discs durs interns:  2 x 300GB 6G SAS 10K SFF. S.O:  64b Suse Linux Enterprise Server.
  • IBM eServer BladeCenter HS21 Server. 1P Intel® Xeon® E5-345 4-cores, 2,33 GHz. 8 MB mem cache, 16GB RAM. Disc dur DAS: 500 GB (Raid 5). S.O.: 64b Suse Linux Enterprise Server.
  • Server rack HP ProLiant  DL580 G5 4P Intel® Xeon® X7350 4-cores, 2,93GHz, 8 MB mem cache, 32 GB RAM. Discs durs interns:  2 x 146GB 6G SAS 10K SFF. S.O:  64b Red Hat Enterprise Linux Server.
  • Sistema d’emmagatzematge distribuït d’altes prestacions EMC-Isilon, 3 nodes X200,  24 TB (en total 72 Tb en Raid 5), 12GB de mem cache, amb connexió infiniband. Escalabilitat fins a 15 PB. S.O: OneFS configurat amb Parallel NFS.
  • Sistema de emmagatzematge o Storage HP MSA60 SAS, 8 TB en 2U Serial Attach SCSI.
  • Sistema de copies de Seguretat HP LTO-5 Ultrium, controladora HP212/256 Smart Array.

Ubicació

Ubicació

C/ Rosselló, 149-153, planta -1
Plataforma de bioinformàtica, CEK
bioinformatica(ELIMINAR)@idibaps.org

Sol·licitud de Serveis

Coordinadora científica

Susana Kalko

Susana Kalko, PhD. (IDIBAPS)  
susana.kalko(ELIMINAR)@idibaps.org

Personal

Bioinfiormatics

Guerau Fernández (IDIBAPS)
Bioinformàtic, PhD
guerau.fernandez(ELIMINAR)@idibaps.org